Journal articles
2023
- titre
- Geometry of Sample Spaces
- auteur
- Philipp Harms, Peter W. Michor, Xavier Pennec, Stefan Sommer
- article
- Differential Geometry and its Applications, 2023, 90, pp.102029. ⟨10.1016/j.difgeo.2023.102029⟩
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-
- titre
- Bures-Wasserstein minimizing geodesics between covariance matrices of different ranks
- auteur
- Yann Thanwerdas, Xavier Pennec
- article
- SIAM Journal on Matrix Analysis and Applications, 2023, 44 (3), pp.1447-1476. ⟨10.1137/22M149168X⟩
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-
- titre
- O(n)-invariant Riemannian metrics on SPD matrices
- auteur
- Yann Thanwerdas, Xavier Pennec
- article
- Linear Algebra and its Applications, 2023, 661, pp.163-201. ⟨10.1016/j.laa.2022.12.009⟩
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-
- titre
- Introduction to Riemannian Geometry and Geometric Statistics: from basic theory to implementation with Geomstats
- auteur
- Nicolas Guigui, Nina Miolane, Xavier Pennec
- article
- Foundations and Trends in Machine Learning, 2023, 16 (3), pp.329-493. ⟨10.1561/2200000098⟩
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-
2022
- titre
- Theoretically and computationally convenient geometries on full-rank correlation matrices
- auteur
- Yann Thanwerdas, Xavier Pennec
- article
- SIAM Journal on Matrix Analysis and Applications, 2022, 43 (4), pp.1851-1872. ⟨10.1137/22M1471729⟩
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-
- titre
- ICLR 2022 Challenge for Computational Geometry & Topology: Design and Results
- auteur
- Adele Myers, Saiteja Utpala, Shubham Talbar, Sophia Sanborn, Christian Shewmake, Claire Donnat, Johan Mathe, Umberto Lupo, Rishi Sonthalia, Xinyue Cui, Tom Szwagier, Arthur Pignet, Andri Bergsson, Soren Hauberg, Dmitriy Nielsen, Stefan Sommer, David Klindt, Erik Hermansen, Melvin Vaupel, Benjamin Dunn, Jeffrey Xiong, Noga Aharony, Itsik Pe’Er, Felix Ambellan, Martin Hanik, Esfandiar Nava-Yazdani, Christoph von Tycowicz, Nina Miolane
- article
- Proceedings of Machine Learning Research, 2022, Topological, Algebraic and Geometric Learning Workshops 2022, 196, pp.269-276. ⟨10.5281/zenodo.6554616⟩
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-
- titre
- Numerical Accuracy of Ladder Schemes for Parallel Transport on Manifolds
- auteur
- Nicolas Guigui, Xavier Pennec
- article
- Foundations of Computational Mathematics, 2022, 22, pp.757-790. ⟨10.1007/s10208-021-09515-x⟩
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-
- titre
- The geometry of mixed-Euclidean metrics on symmetric positive definite matrices
- auteur
- Yann Thanwerdas, Xavier Pennec
- article
- Differential Geometry and its Applications, 2022, 81 (101867), ⟨10.1016/j.difgeo.2022.101867⟩
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-
- titre
- The Measurement and Analysis of Shapes
- auteur
- James Benn, Stephen Marsland
- article
- Annals of Global Analysis and Geometry, In press, 62, pp.47-70. ⟨10.1007/s10455-022-09839-z⟩
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-
2021
- titre
- Classifying histograms of medical data using information geometry of beta distributions
- auteur
- Alice Le Brigant, Nicolas Guigui, Sana Rebbah, Stéphane Puechmorel
- article
- IFAC-PapersOnLine, 2021, ⟨10.1016/j.ifacol.2021.06.110⟩
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-
2020
- titre
- Geomstats: A Python Package for Riemannian Geometry in Machine Learning
- auteur
- Nina Miolane, Nicolas Guigui, Alice Le Brigant, Johan Mathe, Benjamin Hou, Yann Thanwerdas, Stefan Heyder, Olivier Peltre, Niklas Koep, Hadi Zaatiti, Hatem Hajri, Yann Cabanes, Thomas Gerald, Paul Chauchat, Christian Shewmake, Daniel Brooks, Bernhard Kainz, Claire Donnat, Susan Holmes, Xavier Pennec
- article
- Journal of Machine Learning Research, 2020, 21 (223), pp.1-9
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-
- titre
- Voxel-based assessments of treatment effects on longitudinal brain changes in the Multidomain Alzheimer Preventive Trial cohort
- auteur
- Raphaël Sivera, Nicolas Capet, Valeria Manera, Roxane Fabre, Marco Lorenzi, Hervé Delingette, Xavier Pennec, Nicholas Ayache, Philippe Robert
- article
- Neurobiology of Aging, 2020, 94, pp.50-59. ⟨10.1016/j.neurobiolaging.2019.11.020⟩
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-
- titre
- A Bi-Invariant Statistical Model Parametrized by Mean and Covariance on Rigid Motions
- auteur
- Emmanuel Chevallier, Nicolas Guigui
- article
- Entropy, 2020, 22 (4), pp.432. ⟨10.3390/e22040432⟩
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-
Conference papers
2023
- titre
- Riemannian Locally Linear Embedding with Application to Kendall Shape Spaces
- auteur
- Elodie Maignant, Alain Trouvé, Xavier Pennec
- article
- GSI 2023: Geometric Science of Information, Aug 2023, Saint-Malo, (France), France. pp.12-20, ⟨10.1007/978-3-031-38271-0_2⟩
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-
- titre
- Towards Quotient Barycentric Subspaces
- auteur
- Anna Calissano, Elodie Maignant, Xavier Pennec
- article
- GSI 2023: Geometric Science of Information, Aug 2023, Saint-Malo (France), France. pp.366-374, ⟨10.1007/978-3-031-38271-0_36⟩
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-
- titre
- Rethinking the Riemannian Logarithm on Flag Manifolds as an Orthogonal Alignment Problem
- auteur
- Tom Szwagier, Xavier Pennec
- article
- GSI 2023: Geometric Science of Information, Aug 2023, Saint-Malo, (France), France. pp.375-383, ⟨10.1007/978-3-031-38271-0_37⟩
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-
- titre
- Characterization of Invariant Inner Products
- auteur
- Yann Thanwerdas, Xavier Pennec
- article
- GSI 2023 – International Conference on Geometric Science of Information, Aug 2023, Saint Malo, France, France. pp.384-391, ⟨10.1007/978-3-031-38271-0_38⟩
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-
- titre
- Tangent phylogenetic PCA
- auteur
- Morten Akhøj, Xavier Pennec, Stefan Sommer
- article
- Scandinavian Conference on Image Analysis 2023, Apr 2023, Levi Ski Resort (Lapland), Finland
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-
2021
- titre
- Parallel Transport on Kendall Shape Spaces
- auteur
- Nicolas Guigui, Elodie Maignant, Alain Trouvé, Xavier Pennec
- article
- GSI 2021 – 5th conference on Geometric Science of Information, Jul 2021, Paris, France. pp.103-110, ⟨10.1007/978-3-030-80209-7_12⟩
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-
- titre
- Geodesics and Curvature of the Quotient-Affine Metrics on Full-Rank Correlation Matrices
- auteur
- Yann Thanwerdas, Xavier Pennec
- article
- GSI 2021 – 5th conference on Geometric Science of Information, Jul 2021, Paris, France. pp.93-102, ⟨10.1007/978-3-030-80209-7_11⟩
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-
- titre
- A reduced parallel transport equation on Lie Groups with a left-invariant metric
- auteur
- Nicolas Guigui, Xavier Pennec
- article
- GSI 2021 – 5th conference on Geometric Science of Information, Jul 2021, Paris, France. pp.119-126, ⟨10.1007/978-3-030-80209-7_14⟩
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-
- titre
- Investigation of the impact of normalization on the study of interactions between myocardial shape and deformation
- auteur
- Maxime Di Folco, Nicolas Guigui, Patrick Clarysse, Pamela Moceri, Nicolas Duchateau
- article
- FIMH 2021 – 11th International Conference on Functional Imaging and Modeling of the Heart, Jun 2021, Stanford, United States. pp.223-231, ⟨10.1007/978-3-030-78710-3_22⟩
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-
- titre
- Cardiac Motion Modeling with Parallel Transport and Shape Splines
- auteur
- Nicolas Guigui, Pamela Moceri, Maxime Sermesant, Xavier Pennec
- article
- ISBI 2021 – 18th IEEE International Symposium on Biomedical Imaging, Apr 2021, Nice, France. pp. 1394-1397, ⟨10.1109/ISBI48211.2021.9433887⟩
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-
2020
- titre
- Wrapped statistical models on manifolds: motivations, the case SE(n), and generalization to symmetric spaces
- auteur
- Emmanuel Chevallier, Nicolas Guigui
- article
- Joint Structures and Common Foundations of Statistical Physics, Information Geometry and Inference for Learning, Jul 2020, Les Houches, France
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-
- titre
- Introduction to Geometric Learning in Python with Geomstats
- auteur
- Nina Miolane, Nicolas Guigui, Hadi Zaatiti, Christian Shewmake, Hatem Hajri, Daniel Brooks, Alice Le Brigant, Johan Mathe, Benjamin Hou, Yann Thanwerdas, Stefan Heyder, Olivier Peltre, Niklas Koep, Yann Cabanes, Thomas Gerald, Paul Chauchat, Bernhard Kainz, Claire Donnat, Susan Holmes, Xavier Pennec
- article
- SciPy 2020 – 19th Python in Science Conference, Jul 2020, Austin, Texas, United States. pp.48-57, ⟨10.25080/Majora-342d178e-007⟩
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-
2019
- titre
- Symmetric Algorithmic Components for Shape Analysis with Diffeomorphisms
- auteur
- Nicolas Guigui, Shuman Jia, Maxime Sermesant, Xavier Pennec
- article
- GSI 2019 – 4th conference on Geometric Science of Information, F. Nielsen and F. Barbaresco, Aug 2019, Toulouse, France. pp.759–768, ⟨10.1007/978-3-030-26980-7_79⟩
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-
- titre
- Is affine invariance well defined on SPD matrices? A principled continuum of metrics
- auteur
- Yann Thanwerdas, Xavier Pennec
- article
- GSI 2019 – 4th conference on Geometric Science of Information, Aug 2019, Toulouse, France. pp.502-510, ⟨10.1007/978-3-030-26980-7_52⟩
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-
- titre
- Exploration of Balanced Metrics on Symmetric Positive Definite Matrices
- auteur
- Yann Thanwerdas, Xavier Pennec
- article
- GSI 2019 – 4th conference on Geometric Science of Information, Aug 2019, Toulouse, France. pp.484–493, ⟨10.1007/978-3-030-26980-7_50⟩
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-
Book sections
2022
- titre
- Parallel transport, a central tool in geometric statistics for computational anatomy: Application to cardiac motion modeling
- auteur
- Nicolas Guigui, Xavier Pennec
- article
- Frank Nielsen; Arni S.R. Srinivasa Rao; C.R. Rao. Geometry and Statistics, 46, Elsevier, pp.285-326, 2022, Handbook of Statistics, 978-0-323-91345-4. ⟨10.1016/bs.host.2022.03.006⟩
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-
2021
- titre
- Statistical analysis of organs’ shapes and deformations: the Riemannian and the affine settings in computational anatomy
- auteur
- Xavier Pennec
- article
- Jean-François Uhl; Joaquim Jorge; Daniel Simoes Lopes; Pedro F Campos. Digital Anatomy – Applications of Virtual, Mixed and Augmented Reality, Springer Nature, In press, Human–Computer Interaction Series, ⟨10.1007/978-3-030-61905-3_9⟩
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-
2020
- titre
- Advances in Geometric Statistics for Manifold Dimension Reduction
- auteur
- Xavier Pennec
- article
- Handbook of Variational Methods for Nonlinear Geometric Data, Springer International Publishing, pp.339-359, 2020, ⟨10.1007/978-3-030-31351-7_11⟩
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-
- titre
- Introduction to differential and Riemannian geometry
- auteur
- Stefan Sommer, Tom Fletcher, Xavier Pennec
- article
- Riemannian Geometric Statistics in Medical Image Analysis, Chap. 1, Elsevier, pp.3-37, 2020, ⟨10.1016/b978-0-12-814725-2.00008-x⟩
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-
- titre
- Beyond Riemannian geometry: The affine connection setting for transformation groups
- auteur
- Xavier Pennec, Marco Lorenzi
- article
- Riemannian Geometric Statistics in Medical Image Analysis, Chap. 5, Elsevier, pp.169-229, 2020, 978-0-12-814725-2. ⟨10.1016/B978-0-12-814725-2.00012-1⟩
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-
- titre
- Bias on estimation in quotient space and correction methods: Applications to statistics on organ shapes
- auteur
- Nina Miolane, Loïc Devilliers, Xavier Pennec
- article
- Riemannian Geometric Statistics in Medical Image Analysis, Chap. 9, Elsevier, pp.343-376, 2020, ⟨10.1016/B978-0-12-814725-2.00017-0⟩
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-
- titre
- Manifold-valued image processing with SPD matrices
- auteur
- Xavier Pennec
- article
- Riemannian Geometric Statistics in Medical Image Analysis, Chap. 3, Elsevier; Elsevier, pp.75-134, 2020, ⟨10.1016/B978-0-12-814725-2.00010-8⟩
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-
Books
2020
- titre
- Riemannian Geometric Statistics in Medical Image Analysis
- auteur
- Xavier Pennec, Stephan Sommer, Tom Fletcher
- article
- Pennec, Xavier; Sommer, Stefan; Fletcher, Tom. Academic Press; Elsevier, 2020, ⟨10.1016/C2017-0-01561-6⟩
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-
2019
- titre
- Multimodal Brain Image Analysis and Mathematical Foundations of Computational Anatomy
- auteur
- Dajiang Zhu, Jingwen Yan, Heng Huang, Li Shen, Paul M. Thompson, Carl-Fredrik Westin, Xavier Pennec, Sarang Joshi, Mads Nielsen, Tom Fletcher, Stanley Durrleman, Stefan Sommer
- article
- Zhu, Dajiang; Yan, Jingwen; Nielsen, Mads; Fletcher, Tom; Durrleman, Stanley; Sommer, Stefan; Huang, Heng; Shen, Li; Thompson, Paul M.; Westin, Carl-Fredrik; Pennec, Xavier; Joshi, Sarang. Springer, 11846, 2019, Lecture Notes in Computer Science (LNCS), ⟨10.1007/978-3-030-33226-6⟩
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-
Poster communications
2023
- titre
- Preliminary results on the graph matching of structural and functional brain networks
- auteur
- Yanis Aeschlimann, Anna Calissano, Samuel Deslauriers-Gauthier, Théodore Papadopoulo, Andreas Hansen
- article
- Neuromod Yearly Meeting 2023, Jun 2023, Antibes, France
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-
Documents associated with scientific events
2021
- titre
- Graph-Valued Models for Dimensionality Reduction and Regression
- auteur
- Anna Calissano, Aasa Feragen, Simone Vantini
- article
- JSM 2021 – Joint Statistical Meeting, Aug 2021, Online, United States
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Theses
2022
- titre
- Riemannian and stratified geometries on covariance and correlation matrices
- auteur
- Yann Thanwerdas
- article
- Differential Geometry [math.DG]. Université Côte d’Azur, 2022. English. ⟨NNT : 2022COAZ4024⟩
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-
Preprints, Working Papers, …
2023
- titre
- Stratified principal component analysis
- auteur
- Tom Szwagier, Xavier Pennec
- article
- 2023
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- The geometry of Riemannian submersions from compact Lie groups. Application to flag manifolds
- auteur
- Dimbihery Rabenoro, Xavier Pennec
- article
- 2023
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Principal subbundles for dimension reduction
- auteur
- Morten Akhøj, James Benn, Erlend Grong, Stefan Sommer, Xavier Pennec
- article
- 2023
- Accès au bibtex
-
- titre
- Flagfolds
- auteur
- Blanche Buet, Xavier Pennec
- article
- 2023
- Accès au bibtex
-
2022
- titre
- Graph Alignment Exploiting the Spatial Organisation Improves the Similarity of Brain Networks
- auteur
- Anna Calissano, Théodore Papadopoulo, Xavier Pennec, Samuel Deslauriers-Gauthier
- article
- 2022
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- The Currents Space of Graphs
- auteur
- James Benn, Anna Calissano, Stephen Marsland, Xavier Pennec
- article
- 2022
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- A geometric framework for asymptotic inference of principal subspaces in PCA
- auteur
- Dimbihery Rabenoro, Xavier Pennec
- article
- 2022
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2021
- titre
- ICLR 2021 Challenge for Computational Geometry & Topology: Design and Results
- auteur
- Nina Miolane, Matteo Caorsi, Umberto Lupo, Marius Guerard, Nicolas Guigui, Johan Mathe, Yann Cabanes, Wojciech Reise, Thomas Davies, António Leitão, Somesh Mohapatra, Saiteja Utpala, Shailja Shailja, Gabriele Corso, Guoxi Liu, Federico Iuricich, Andrei Manolache, Mihaela Nistor, Matei Bejan, Armand Mihai Nicolicioiu, Bogdan-Alexandru Luchian, Mihai-Sorin Stupariu, Florent Michel, Khanh Dao Duc, Bilal Abdulrahman, Maxim Beketov, Elodie Maignant, Zhiyuan Liu, Marek Černý, Martin Bauw, Santiago Velasco-Forero, Jesus Angulo, Yanan Long
- article
- 2021
- Accès au bibtex
-
2019
- titre
- Curvature effects on the empirical mean in Riemannian and affine Manifolds: a non-asymptotic high concentration expansion in the small-sample regime
- auteur
- Xavier Pennec
- article
- 2019
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2018
- titre
- Parallel Transport with Pole Ladder: a Third Order Scheme in Affine Connection Spaces which is Exact in Affine Symmetric Spaces
- auteur
- Xavier Pennec
- article
- 2018
- Accès au texte intégral et bibtex
-
