Publications

Publications HAL du projet européen 786854

Journal articles

2022

titre
Numerical Accuracy of Ladder Schemes for Parallel Transport on Manifolds
auteur
Nicolas Guigui, Xavier Pennec
article
Foundations of Computational Mathematics, Springer Verlag, 2022, 22, pp.757-790. ⟨10.1007/s10208-021-09515-x⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02894783/file/Guigui_et_al-2021-Foundations_of_Computational_Mathematics.pdf BibTex
titre
The geometry of mixed-Euclidean metrics on symmetric positive definite matrices
auteur
Yann Thanwerdas, Xavier Pennec
article
Differential Geometry and its Applications, Elsevier, 2022, 81 (101867), ⟨10.1016/j.difgeo.2022.101867⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03414887/file/main.pdf BibTex
titre
The Measurement and Analysis of Shapes
auteur
James Benn, Stephen Marsland
article
Annals of Global Analysis and Geometry, Springer Verlag, In press, ⟨10.1007/s10455-022-09839-z⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03556752/file/Revision3F.pdf BibTex

2021

titre
Classifying histograms of medical data using information geometry of beta distributions
auteur
Alice Le Brigant, Nicolas Guigui, Sana Rebbah, Stéphane Puechmorel
article
IFAC-PapersOnLine, Elsevier, 2021, ⟨10.1016/j.ifacol.2021.06.110⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02671122/file/info-geom-beta.pdf BibTex

2020

titre
Geomstats: A Python Package for Riemannian Geometry in Machine Learning
auteur
Nina Miolane, Nicolas Guigui, Alice Le Brigant, Johan Mathe, Benjamin Hou, Yann Thanwerdas, Stefan Heyder, Olivier Peltre, Niklas Koep, Hadi Zaatiti, Hatem Hajri, Yann Cabanes, Thomas Gerald, Paul Chauchat, Christian Shewmake, Daniel Brooks, Bernhard Kainz, Claire Donnat, Susan Holmes, Xavier Pennec
article
Journal of Machine Learning Research, Microtome Publishing, 2020, 21 (223), pp.1-9
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https://hal.inria.fr/hal-02536154/file/19-027.pdf BibTex
titre
Voxel-based assessments of treatment effects on longitudinal brain changes in the Multidomain Alzheimer Preventive Trial cohort
auteur
Raphaël Sivera, Nicolas Capet, Valeria Manera, Roxane Fabre, Marco Lorenzi, Hervé Delingette, Xavier Pennec, Nicholas Ayache, Philippe Robert
article
Neurobiology of Aging, Elsevier, 2020, 94, pp.50-59. ⟨10.1016/j.neurobiolaging.2019.11.020⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02166357/file/paper-mapt-final.pdf BibTex
titre
A Bi-Invariant Statistical Model Parametrized by Mean and Covariance on Rigid Motions
auteur
Emmanuel Chevallier, Nicolas Guigui
article
Entropy, MDPI, 2020, 22 (4), pp.432. ⟨10.3390/e22040432⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02568245/file/SEnHAL_Chevallier_Guigui.pdf BibTex

Conference papers

2021

titre
Parallel Transport on Kendall Shape Spaces
auteur
Nicolas Guigui, Elodie Maignant, Alain Trouvé, Xavier Pennec
article
GSI 2021 – 5th conference on Geometric Science of Information, Jul 2021, Paris, France. pp.103-110, ⟨10.1007/978-3-030-80209-7_12⟩
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https://hal.inria.fr/hal-03160677/file/parallel_transport_shape.pdf BibTex
titre
Geodesics and Curvature of the Quotient-Affine Metrics on Full-Rank Correlation Matrices
auteur
Yann Thanwerdas, Xavier Pennec
article
GSI 2021 – 5th conference on Geometric Science of Information, Jul 2021, Paris, France. pp.93-102, ⟨10.1007/978-3-030-80209-7_11⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03157992/file/main.pdf BibTex
titre
A reduced parallel transport equation on Lie Groups with a left-invariant metric
auteur
Nicolas Guigui, Xavier Pennec
article
GSI 2021 – 5th conference on Geometric Science of Information, Jul 2021, Paris, France. pp.119-126, ⟨10.1007/978-3-030-80209-7_14⟩
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https://hal.inria.fr/hal-03154318/file/parallel_transport_lie_group.pdf BibTex
titre
Investigation of the impact of normalization on the study of interactions between myocardial shape and deformation
auteur
Maxime Di Folco, Nicolas Guigui, Patrick Clarysse, Pamela Moceri, Nicolas Duchateau
article
FIMH 2021 – 11th International Conference on Functional Imaging and Modeling of the Heart, Jun 2021, Stanford, United States. pp.223-231, ⟨10.1007/978-3-030-78710-3_22⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03203378/file/Difolco_FIMH_2021.pdf BibTex
titre
Cardiac Motion Modeling with Parallel Transport and Shape Splines
auteur
Nicolas Guigui, Pamela Moceri, Maxime Sermesant, Xavier Pennec
article
ISBI 2021 – 18th IEEE International Symposium on Biomedical Imaging, Apr 2021, Nice, France. pp. 1394-1397, ⟨10.1109/ISBI48211.2021.9433887⟩
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https://hal.inria.fr/hal-03142196/file/root.pdf BibTex

2020

titre
Wrapped statistical models on manifolds: motivations, the case SE(n), and generalization to symmetric spaces
auteur
Emmanuel Chevallier, Nicolas Guigui
article
Joint Structures and Common Foundations of Statistical Physics, Information Geometry and Inference for Learning, Jul 2020, Les Houches, France
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03154401/file/WrappedModelsOnManifoldsChevallierGuigui.pdf BibTex
titre
Introduction to Geometric Learning in Python with Geomstats
auteur
Nina Miolane, Nicolas Guigui, Hadi Zaatiti, Christian Shewmake, Hatem Hajri, Daniel Brooks, Alice Le Brigant, Johan Mathe, Benjamin Hou, Yann Thanwerdas, Stefan Heyder, Olivier Peltre, Niklas Koep, Yann Cabanes, Thomas Gerald, Paul Chauchat, Bernhard Kainz, Claire Donnat, Susan Holmes, Xavier Pennec
article
SciPy 2020 – 19th Python in Science Conference, Jul 2020, Austin, Texas, United States. pp.48-57, ⟨10.25080/Majora-342d178e-007⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02908006/file/geomstats.pdf BibTex

2019

titre
Symmetric Algorithmic Components for Shape Analysis with Diffeomorphisms
auteur
Nicolas Guigui, Shuman Jia, Maxime Sermesant, Xavier Pennec
article
GSI 2019 – 4th conference on Geometric Science of Information, F. Nielsen and F. Barbaresco, Aug 2019, Toulouse, France. pp.759–768, ⟨10.1007/978-3-030-26980-7_79⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02148832/file/55-Guigui.pdf BibTex
titre
Is affine invariance well defined on SPD matrices? A principled continuum of metrics
auteur
Yann Thanwerdas, Xavier Pennec
article
GSI 2019 – 4th conference on Geometric Science of Information, Aug 2019, Toulouse, France. pp.502-510, ⟨10.1007/978-3-030-26980-7_52⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02147020/file/main.pdf BibTex
titre
Exploration of Balanced Metrics on Symmetric Positive Definite Matrices
auteur
Yann Thanwerdas, Xavier Pennec
article
GSI 2019 – 4th conference on Geometric Science of Information, Aug 2019, Toulouse, France. pp.484–493, ⟨10.1007/978-3-030-26980-7_50⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02158525/file/Thanwerdas_GSI19_Balanced%20metrics.pdf BibTex

Book sections

2022

titre
Parallel transport, a central tool in geometric statistics for computational anatomy: Application to cardiac motion modeling
auteur
Nicolas Guigui, Xavier Pennec
article
Geometry and Statistics, 46, Elsevier, In press, Handbook of Statistics, 978-0-323-91345-4. ⟨10.1016/bs.host.2022.03.006⟩
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https://hal.inria.fr/hal-03684811/file/H0S_ParallelTransport.pdf BibTex

2021

titre
Statistical analysis of organs’ shapes and deformations: the Riemannian and the affine settings in computational anatomy
auteur
Xavier Pennec
article
Jean-François Uhl; Joaquim Jorge; Daniel Simoes Lopes; Pedro F Campos. Digital Anatomy – Applications of Virtual, Mixed and Augmented Reality, Springer Nature, In press, Human–Computer Interaction Series, ⟨10.1007/978-3-030-61905-3_9⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02925156/file/2020_CompAnat_Pennec.pdf BibTex

2020

titre
Advances in Geometric Statistics for Manifold Dimension Reduction
auteur
Xavier Pennec
article
Handbook of Variational Methods for Nonlinear Geometric Data, Springer International Publishing, pp.339-359, 2020, ⟨10.1007/978-3-030-31351-7_11⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02560938/file/XP_GeomStats_ManifoldReductionPCA.pdf BibTex
titre
Introduction to differential and Riemannian geometry
auteur
Stefan Sommer, Tom Fletcher, Xavier Pennec
article
Riemannian Geometric Statistics in Medical Image Analysis, Elsevier, pp.3-37, 2020, ⟨10.1016/b978-0-12-814725-2.00008-x⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02341901/file/chapter1.pdf BibTex
titre
Beyond Riemannian geometry: The affine connection setting for transformation groups
auteur
Xavier Pennec, Marco Lorenzi
article
Riemannian Geometric Statistics in Medical Image Analysis, Elsevier, pp.169-229, 2020, 978-0-12-814725-2. ⟨10.1016/B978-0-12-814725-2.00012-1⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02342137/file/chapter5.pdf BibTex
titre
Manifold-valued image processing with SPD matrices
auteur
Xavier Pennec
article
Riemannian Geometric Statistics in Medical Image Analysis, Elsevier; Elsevier, pp.75-134, 2020, ⟨10.1016/B978-0-12-814725-2.00010-8⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-02341958/file/chapter3.pdf BibTex
titre
Bias on estimation in quotient space and correction methods: Applications to statistics on organ shapes
auteur
Nina Miolane, Loïc Devilliers, Xavier Pennec
article
Riemannian Geometric Statistics in Medical Image Analysis, Elsevier, pp.343-376, 2020, ⟨10.1016/B978-0-12-814725-2.00017-0⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02342155/file/chapterQuotient.pdf BibTex

Directions of work or proceedings

2020

titre
Riemannian Geometric Statistics in Medical Image Analysis
auteur
Xavier Pennec, Stephan Sommer, Tom Fletcher
article
Pennec, Xavier; Sommer, Stefan; Fletcher, Tom. Riemannian Geometric Statistics in Medical Image Analysis, Academic Press, 2020, ⟨10.1016/C2017-0-01561-6⟩
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2019

titre
Multimodal Brain Image Analysis and Mathematical Foundations of Computational Anatomy
auteur
Dajiang Zhu, Jingwen Yan, Heng Huang, Li Shen, Paul M. Thompson, Carl-Fredrik Westin, Xavier Pennec, Sarang Joshi, Mads Nielsen, Tom Fletcher, Stanley Durrleman, Stefan Sommer
article
Zhu, Dajiang; Yan, Jingwen; Nielsen, Mads; Fletcher, Tom; Durrleman, Stanley; Sommer, Stefan; Huang, Heng; Shen, Li; Thompson, Paul M.; Westin, Carl-Fredrik; Pennec, Xavier; Joshi, Sarang. 11846, Springer, 2019, Lecture Notes in Computer Science (LNCS), ⟨10.1007/978-3-030-33226-6⟩
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Documents associated with scientific events

2021

titre
Graph-Valued Models for Dimensionality Reduction and Regression
auteur
Anna Calissano, Aasa Feragen, Simone Vantini
article
JSM 2021 – Joint Statistical Meeting, Aug 2021, Online, United States
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https://hal.inria.fr/hal-03518747/file/JSM_Calissano.pdf BibTex

Theses

2022

titre
Riemannian and stratified geometries of covariance and correlation matrices
auteur
Yann Thanwerdas
article
Differential Geometry [math.DG]. Université Côte d’Azur, 2022. English
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https://hal.archives-ouvertes.fr/tel-03698752/file/Thanwerdas_PhD.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, …

2022

titre
Bures-Wasserstein minimizing geodesics between covariance matrices of different ranks
auteur
Yann Thanwerdas, Xavier Pennec
article
2022
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03647321/file/main.pdf BibTex
titre
Theoretically and computationally convenient geometries on full-rank correlation matrices
auteur
Yann Thanwerdas, Xavier Pennec
article
2022
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03527072/file/main.pdf BibTex

2021

titre
ICLR 2021 Challenge for Computational Geometry & Topology: Design and Results
auteur
Nina Miolane, Matteo Caorsi, Umberto Lupo, Marius Guerard, Nicolas Guigui, Johan Mathe, Yann Cabanes, Wojciech Reise, Thomas Davies, António Leitão, Somesh Mohapatra, Saiteja Utpala, Shailja Shailja, Gabriele Corso, Guoxi Liu, Federico Iuricich, Andrei Manolache, Mihaela Nistor, Matei Bejan, Armand Mihai Nicolicioiu, Bogdan-Alexandru Luchian, Mihai-Sorin Stupariu, Florent Michel, Khanh Dao Duc, Bilal Abdulrahman, Maxim Beketov, Elodie Maignant, Zhiyuan Liu, Marek Černý, Martin Bauw, Santiago Velasco-Forero, Jesus Angulo, Yanan Long
article
2021
Accès au bibtex
https://arxiv.org/pdf/2108.09810 BibTex
titre
O(n)-invariant Riemannian metrics on SPD matrices
auteur
Yann Thanwerdas, Xavier Pennec
article
2021
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03338601/file/main.pdf BibTex

2020

titre
Geometry of Sample Spaces
auteur
Philipp Harms, Peter W. Michor, Xavier Pennec, Stefan Sommer
article
2020
Accès au bibtex
https://arxiv.org/pdf/2010.08039 BibTex

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